All posts by Cedric Verbelen

Programmeur·euse – développeur·euse (H/F) – Unité de recherche DIAPath

Pôle de pathologie numérique DIAPath – CMMI – ULB
DIAPath est un pôle de recherche transdisciplinaire et interfacultaire (Facultés de Médecine et École polytechnique de Bruxelles) de l’ULB, intégrée au ”Center for Microscopy and Molecular Imaging” (CMMI, Biopark de Gosselies). DIAPath développe une approche intégrée pour l’identification, la caractérisation et la validation de biomarqueurs. Cette approche s’appuie notamment sur le développement d’outils informatiques de pathologie computationnelle, axés sur l’analyse d’image et l’intelligence artificielle (en collaboration avec le Laboratory of Image Synthesis and Analysis de l’ULB). Afin de renforcer son équipe, DIAPath engage un·e

Programmeur·euse – développeur·euse (H/F) 

Description générale de la fonction :
En tant que programmeur·euse à DIAPath, vous travaillez sous la responsabilité du Senior Experimental Officer du pôle. Vous implémentez, testez et validez des nouvelles fonctionnalités et applications adaptées aux besoins du pôle, que vous appliquerez ensuite dans le cadre de projets de recherche et de prestations académiques ou industrielles.

Vos principaux rôles et responsabilités :

  • Vous implémentez, testez, validez et appliquez des outils informatiques dédiés aux activités du pôle
  • Vous rédigez les documentations techniques et fonctionnelles
  • Vous réalisez et contrôlez les acquisitions d’images
  • Vous participez à la gestion et à l’archivage des données et images générées par le pôle  
  • Vous contribuez à la rédaction du volet technique des conventions pour prestation de service
  • Vous participez à la préparation et rédaction de rapports, abstracts, posters, publications
  • Vous veillez au bon fonctionnement et à la gestion du matériel informatique du pôle
  • Vous préparez et réalisez des démonstrations des activités du pôle

Votre profil :

  • Vous êtes titulaire d’un Bachelier en Informatique (ou expérience équivalente)
  • Vous maîtrisez les langages de programmation, dont Java et Python, et les bonnes pratiques en matière de développement logiciel et de travail en collaboration (tests unitaires, référentiel Git)
  • Une expérience en analyse d’image est un atout
  • Vous avez un attrait pour la recherche scientifique
  • Vous êtes rigoureux/rigoureuse
  • Vous faites preuve d’un esprit d’équipe et d’initiative

Notre offre :

  • Un contrat à durée déterminée à temps plein
  • Une perspective de contrat à durée indéterminée après 2 ans
  • L’opportunité d’exercer une fonction variée
  • Une rémunération attractive assortie d’avantages extra-légaux (chèques repas, jours de congés extra-légaux)
  • Localisation : Biopark Charleroi

Intéressé·e ?

Envoyez votre cv et lettre de motivation à l’attention de Mr Egor Zindy (egor.zindy@ulb.ac.be) avant le 31 mai 2021.

 

Technologue de laboratoire (H/F) – Unité de recherche DIAPath

DIAPath est une unité de recherche transdisciplinaire et interfacultaire (Facultés de Médecine et École polytechnique de Bruxelles) de l’ULB, intégrée au ”Center for Microscopy and Molecular Imaging” (CMMI, Biopark de Gosselies). DIAPath développe une approche intégrée pour l’identification, la caractérisation et la validation de biomarqueurs au sein de tissus animaux et humains (en collaboration étroite avec le laboratoire d’Anatomie pathologique de l’hôpital Erasme). Cette approche fait notamment appel aux techniques histologiques et immunohistochimiques.

Description générale de la fonction :
En tant que technologue de laboratoire à DIAPath, vous travaillez sous la responsabilité du Technical Manager et du Lab Manager. Vous réalisez les techniques du laboratoire dans le cadre de projets de recherche et de prestations académiques ou industrielles.

Vos principaux rôles et responsabilités :

  • Vous collectez et encodez les échantillons dans le programme de gestion des informations de laboratoire et en assurez le contrôle de qualité et la traçabilité
  • Vous réalisez les techniques de macroscopie, d’enrobage, de coupes et de colorations histologiques.
  • Vous réalisez les techniques d’Immunohistochimie sur une plate-forme moderne semi-automatisée
  • Vous réalisez la numérisation des coupes, à l’aide d’un système de scanning automatisé et assurer le contrôle de qualité des acquisitions d’images
  • Vous préparez et réalisez des Tissue Microarrays (TMA).
  • Vous aidez au développement et appliquez de nouvelles techniques
  • Vous gérez l’approvisionnement en matériel et réactif de laboratoire
  • Vous assurez les maintenances et la calibration des automates.

Votre profil :

  • Vous possédez un Baccalauréat comme Technologue de laboratoire
  • Une expérience en histologie est un atout.
  • Vous avez un attrait pour la recherche scientifique
  • Vous êtes rigoureux/rigoureuses et faites preuve de précision
  • Le respect des règles et des procédures est important pour vous
  • Vous faites preuve d’un esprit d’équipe et d’initiative
  • Vous êtes flexible

Notre offre :

  • Un contrat à durée déterminée à temps plein
  • Une perspective de contrat à durée indéterminée après 2 ans
  • L’opportunité d’exercer une fonction variée
  • Une rémunération attractive assortie d’avantages extra-légaux (chèques repas, jours de congés extra-légaux)
  • Localisation : Biopark Charleroi

Intéressé(e) ?
Envoyez votre cv et lettre de motivation à l’attention de Mme Justine Allard (allard.justine@ulb.ac.be) avant le 2 avril 2021.

From temperature imaging to brain development, including one of our most recurrent topics: cancer. Latest publications of the CMMI.

Photoacoustic temperature imaging based on multi-wavelength excitation.
Meng L, Deschaume O, Larbanoix L, Fron E, Bartic C, Laurent S, Van der Auweraer M, Glorieux C
Photoacoustics 2019 Mar; 13: 33-45

DMRT5, DMRT3, and EMX2 Cooperatively Repress Gsx2 at the Pallium-Subpallium Boundary to Maintain Cortical Identity in Dorsal Telencephalic Progenitors.
Desmaris E, Keruzore M, Saulnier A, Ratié L, Assimacopoulos S, De Clercq S, Nan X, Roychoudhury K, Qin S, Kricha S, Chevalier C, Lingner T, Henningfeld KA, Zarkower D, Mallamaci A, Theil T, Campbell K, Pieler T, Li M, Grove EA, Bellefroid EJ.
J Neurosci. 2018 Oct 17;38(42):9105-9121. doi: 10.1523/JNEUROSCI.0375-18.2018. Epub 2018 Aug 24.

Inhibition of SHIP2 activity inhibits cell migration and could prevent metastasis in breast cancer cells.
Ghosh S, Scozzaro S, Ramos AR, Delcambre S, Chevalier C, Krejci P, Erneux C.
J Cell Sci. 2018 Aug 16;131(16). pii: jcs216408. doi: 10.1242/jcs.216408.

YAP and TAZ are essential for basal and squamous cell carcinoma initiation.
Debaugnies M, Sánchez-Danés A, Rorive S, Raphaël M, Liagre M, Parent MA, Brisebarre A, Salmon I, Blanpain C.
EMBO Rep. 2018 Jul;19(7). pii: e45809. doi: 10.15252/embr.201845809. Epub 2018 Jun 6.

Summer publications of the CMMI/Special focus: how do cells decode the various Wnt signaling pathways

Wnt signaling is key to several important processes, both in health and disease. The genes encoding the Wnt ligand and its receptor Frizzled have undergone extensive duplications during evolution, but how vertebrate cells are able to “decode” their 19 Wnt ligands and therefore make a variety of functions emerge from this genetic diversity was still largely unknown.

In “A molecular mechanism for Wnt ligand-specific signaling”, published this summer in Science, our colleague Benoit Vanhollebeke, his team and collaborators from the UCL NanoBiophysics Lab and Max Planck Institute for lung and heart research found some important pieces of the puzzle of Wnt signaling diversity. They dissect the molecular mechanism for Wnt7-specific signaling and unravel the central role played by Reck, GPR124 and Dishevelled the process. It can be hypothesized that other Wnt or Frizzled family members are decoded in a similar manner through other accessory proteins.

 

A molecular mechanism for Wnt ligand-specific signaling.
Eubelen M, Bostaille N, Cabochette P, Gauquier A, Tebabi P, Dumitru AC, Koehler M, Gut P, Alsteens D, Stainier DYR, Garcia-Pino A, Vanhollebeke B.
Science. 2018 Aug 17;361(6403). pii: eaat1178. Epub 2018 Jul 19.

Summer publications of the CMMI/Special focus: research in image analysis conducted by the DIAPath team of the CMMI

Image analysis is one of the strong points of our digital pathology team DIAPath. In a recent article, our colleagues at DIAPath explain how they used deep learning and data augmentation techniques to automate annotation of histological slide images from colorectal tissue. Their method segments glandular epithelium in images from tissue slides stained with hemaetoxylin & eosin or by immunohistochemistry (IHC). It is robust, outperforms pre-existing methods and concurs highly with manual annotations, thereby enabling the compatimentalization of IHC quantification.

Segmentation of glandular epithelium in colorectal tumours to automatically compartmentalise IHC biomarker quantification: A deep learning approach.
Van Eycke YR, Balsat C, Verset L, Debeir O, Salmon I, Decaestecker C.
Med Image Anal. 2018 Jul 12;49:35-45.

Summer publications of the CMMI

What an exciting year! Many articles that benefited from the team and/or infrastructure of the CMMI were published in the last months. Some of them are below. A special focus on two additional CMMI articles will follow in the coming days. Congratulations to our collaborators for the good work!

Silencing of casein kinase 1 delta reduces migration and metastasis of triple negative breast cancer cells.
Bar I, Merhi A, Larbanoix L, Constant M, Haussy S, Laurent S, Canon JL, Delrée P.
Oncotarget. 2018 Jul 20;9(56):30821-30836. eCollection 2018 Jul 20

Activation of the endoplasmic reticulum stress sensor IRE1α by the vaccine adjuvant AS03 contributes to its immunostimulatory properties.
Givord C, Welsby I, Detienne S, Thomas S, Assabban A, Lima Silva V, Molle C, Gineste R, Vermeersch M, Perez-Morga D, Leo O, Collignon C, Didierlaurent AM, Goriely S.
NPJ Vaccines. 2018 Jun 28; 3:20. eCollection 2018.

Chitosan-coated liposome dry-powder formulations loaded with ghrelin for nose-to-brain delivery.
Salade L, Wauthoz N, Vermeersch M, Amighi K, Goole J.
Eur J Pharm Biopharm. 2018 Aug; 129:257-266. Epub 2018 Jun 15.

Effects of press-fit biphasic (collagen and HA/βTCP) scaffold with cell-based therapy on cartilage and subchondral bone repair knee defect in rabbits.
Hernigou J, Vertongen P, Chahidi E, Kyriakidis T, Dehoux JP, Crutzen M, Boutry S, Larbanoix L, Houben S, Gaspard N, Koulalis D, Rasschaert
J. Int Orthop. 2018 Jun 7.

New cryo-TEM Talos F200C

Summer began with a special delivery at the CMMI : our new cryo-TEM, a Talos F200C, arrived last Friday under a bright sun.

This exceptional microscope and its accessories were arranged in 15 boxes, the heaviest of which weighted no less than 1740 kg.

Bringing everything to the premises of the CMMI was not a trivial operation, but everything ended well and the microscope is now at its final position.

Minor works will be performed during the summer so as to complete the installation by September.

This will be the end of a long process… and the beginning of exciting scientific adventures!

_DSC0837 _DSC0848 _DSC0873 _DSC0882
5F23A422-074A-4AFD-AD77-F89D5A0E17BA45D18C4E-1BA2-4825-8752-9AAB766DF54E
IMG_8682