Pr Denis Lafontaine, responsable (ULB-IBMM & F.R.S.-FNRS)
Denis.Lafontaine@ulb.ac.be
Denis L.J. LAFONTAINE obtained a BSc (1991) and a PhD (1995) in Molecular Biology & Genetics from the University of Namur (Belgium). He performed a post-doctoral training with Prof David Tollervey in the Gene Expression programme (EMBL, Heidelberg) and The Welcome Trust Center for Cell Biology (University of Edinburgh). Denis is Maître de Recherche of the Belgian FNRS and leads a group studying RNA metabolism at the Institute of Molecular Biology & Medecine at the University of Brussels since 2001. Denis is working on several aspects of RNA metabolism (including, surveillance and quality controls, pre-rRNA synthesis, processing & modification, pre-ribosome assembly & trafficking) and organelle morphogenesis (nucleolus and cytoplamsic P-bodies) with a particular focus on their relationships to human diseases (cancer). Denis published >30 manuscripts in international peer-reviewed journals and contributed chapters to several books destined to specific and general audiences. Denis is acting as a referee for top journals in the field of Molecular and Cellular Biology, as well as for international funding agencies.
Automation et morphométrie quantitative
Équipements
- The BD Pathway ‘high content analysis system’ 435 (BD, U.S.A.)
- Plate-forme multimodale à haute résolution pour morphométrie quantitative
Références bibliographiques
1. Schillewaert S, Wacheul L, Lhomme F, Lafontaine DLJ (2012) The Evolutionarily Conserved Protein LAS1 Is Required for Pre-rRNA Processing at Both Ends of ITS2. Mol Cell Biol 32: 430-444.
2. Mullineux ST, Lafontaine DL (2012) Mapping the cleavage sites on mammalian pre-rRNAs: Where do we stand? Biochimie PMID: 22342225.
3. Thiry M, Lamaye F, Lafontaine DLJ (2011) The nucleolus: When two became three. Nucleus 2: 289-293.
4. Leporé L, Lafontaine DLJ (2011) A functional interface at the rDNA connects rRNA synthesis, pre-rRNA processing and nucleolar surveillance in budding yeast. PLoS ONE 6: e24962.
5. Lamaye F, Galliot S, Alibardi L, Lafontaine DLJ, Thiry M (2011) Nucleolar structure across evolution: the transition between bi- and tricompartmentalized nucleoli lies within the class Reptilia. J Struct Biol 174: 352-359.
6. Leporé N, Lafontaine DLJ (2010) {'Catch me if you can': how the structural and functional integrity of eukaryotic RNA molecules is monitored by surveillance mechanisms}. Médecine/Sciences 26: 259-266.
7. Lafontaine DLJ (2010) A ‘garbage can’ for ribosomes: how eukaryotes degrade their ribosomes? Trends Biochem Sci 35: 267-277.
8. Hernandez-Verdun D, Roussel P, Thiry M, Sirri V, Lafontaine DLJ (2010) The nucleolus: structure/function in RNA metabolism. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA 1: 415-431.
Descriptif et applications
En biologie cellulaire, il est fréquent que toutes les cellules d’une population ne présentent pas le même phénotype, un concept connu sous le terme de ‘pénétrance’ qu’il est indispensable de rencontrer par l’approche statistique. La morphométrie quantitative vise à la caractérisation numérique détaillée, et validée statistiquement, d’objets divers tels que des types cellulaires distincts ou des structures sous-cellulaires particulières (par exemple des organelles).Ceci inclut, le dénombrement d’objets, le calcul de leur diamètre, surface, volume, le pourcentage de chevauchement entre différents objets (co-localisation), etc.
La reconnaissance des structures cellulaires et sous-cellulaires peut s’effectuer sur base de leur morphologie particulière (marquages histochimiques), sur la base de leur fl uorescence (utilisation de rapporteurs protéiques ou ribonucléiques). Un aspect essentiel de notre travail consiste en la segmentation de l’image (voir illustration), ç-à-d le paramètrage précis de logiciels d’analyses menant à la reconnaissance autonome et à la discrimination d’objets d’intérêts.
En combinant les techniques de criblages robotisés, dites à ‘hauts débits’, qui permettent d’analyser des centaines d’échantillons sans l’intervention d’opérateurs, à celle de la reconnaissance morphométrique par des logiciels ‘intelligents’, nous serons à même, par exemple, de (i) dénombrer des bactéries dans le cytoplasme de macrophages, (ii) tester l’effet de plusieurs dizaines de milliers de molécules synthétiques (‘drug design’) sur des voies de différentiation de cellules souches ou (iii) sur le patron de localisation sous-cellulaire d’un antigène d’interêt (par ex. relocalisation dynamique dans le cytoplasme d’un récepteur membranaire). Des applications macroscopiques, telles que le dénombrement de plaques de lyses, ou le calcul de la distribution relative de plusieurs espèces de microorganismes pathogènes sont possibles.
Le dévelopement de protocoles à haute résolution est mené en collaboration avec le Service du Métabolisme de l’ARN de l’Université Libre de Bruxelles.
Voir le poster: POSTER_CMMI_-_A.__Q._Morphometry.pdf
